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本寺於民國29年3月3日破土開工，同年8月18日完竣。開山祖師普興大師，係雙溪牡丹村人士，大師雖為在家修士卻是一名得道居士，平日持戒精嚴，以拜誦金剛經而悟道。
本寺於日據時代草建為道場，未能穩固鋼基，第三任住持仁慧長老立願重修，經與護法信徒商議為便利信眾朝拜故興建下寺，然頂寺乃歷代古剎，不忍毀之，綜此聖南寺分為頂‧下二寺，但頂寺仍是欲墜之態。
民國66年薇拉颱風過境狂風怒號，頂寺慘毀，仁慧長老與慈盈比丘尼為保歷代根基，雖然經費拮据，仍動之重建。
現任住持慈盈比丘尼，秉持隨緣簡樸的作風，隨緣隨份依循著佛陀慈悲喜捨的為大精神邁向自利利他的菩薩道努力。
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